Première étape: booter sur un live CD gérant le ZFS.

On monte les dossiers et configure zfs:

zfs set mountpoint=/mnt rpool/ROOT/pve-1
rm -rf /mnt/*
zfs mount rpool/ROOT/pve-1
mount -t proc /proc /mnt/proc
mount --rbind /dev /mnt/dev
mount --rbind /sys /mnt/sys
chroot /mnt /bin/bash
source /etc/profile

Nous sommes maintenant chrooté sur le système à restaurer

#fix apt and reinstall the required utils
dpkg --configure -a
apt-get update && apt-get dist-upgrade -y
apt-get install --reinstall grub-pc
apt-get install --reinstall zfs-initramfs 
apt-get install --reinstall pve-kernel-4.4 linux-image-amd64
 
#install and configure
grub-install /dev/disk/by-id/<YOUR_DISK_1_ID_HERE>
grub-install /dev/disk/by-id/<YOUR_DISK_2_ID_HERE>
update-grub2
for x in $(cat /proc/cmdline); do     case $x in         root=ZFS=*)             BOOT=zfs;             ;;     esac; done
grub-probe / 
update-initramfs -u -k all
 
zfs set mountpoint=/ rpool/ROOT/pve-1
 
#exit the chroot
exit

On réassigne le point de montage de zfs

umount /mnt
umount rpool/ROOT/pve-1
zfs set mountpoint=/ rpool/ROOT/pve-1
reboot

Tutoriel trouvé et traduit à partir de https://extremeshok.com/7039/proxmox-grub-zfs-recovery-rescue-system-chroot-and-recover-grub/